עד כה מנינו את היתרונות שבביצוע העתקת עצים, אולם לפעולה זו יש גם חסרונות די
משמעותיים. עץ שנעקר מאדמתו, ממש כמו אדם שנעקר בביתו, חווה טראומה לא פשוטה שלא
קל להתאושש ממנה. עד כדי כך יכולה הטראומה להיות חריפה, עד שהעץ המועתק עלול שלא
לשוב ולהניב פירות. חיסרון נוסף הוא, שלמרות המחשבה שעץ שהועתק ממקומו יגיע לגינה
בדיוק במצב בו היה, מדובר בטעות.
זאת משום שבעת העתקת העץ הוא עובר
גיזום עצים מאסיבי, על מנת להפחית את הסיכון
שיקרוס במהלך ההעתקה ולהפחית איבוד מים לאחר השתילה במקום החדש. לכן, הלקוח מקבל,
בעצם, גזע של עץ שממנו יוצאים מספר ענפים, ולא את העץ הבריא והמלבלב שראה במשתלה. חיסרון נוסף לאלה הוא סכום הכסף הרב הדרוש לביצוע העתקה בצורה הנכונה.